делаем одно файловый ремукс из БР структуры.
нам понадобится:
eac3to -- http://forum.doom9.org/showthread.php?t=125966
HD-DVD/Blu-Ray Stream Extractor -- http://forum.doom9.org/showthread.php?t=141829
tsMuxeR -- http://www.smlabs.net/tsmuxer_en.html
кидаем HD-DVD/Blu-Ray Stream Extractor в папку eac3to, запускаем
в поле Input папку с БР структурой, в Output указываем куда кидать дорожки,
нажимаем Feature(s), выбираем нужный кусок (если их несколько),
в списке Stream(s) выбираем видео дорогу, обычно Extract As ставим H264,
выбираем нужные нам аудио дорожки, если дорожка DTS-HD всеравно в Extract As ставим DTD, если AC3, то естественно AC3.
Все выбрали? Нажимаем Extract, процесс разбора пошел
Теперь надо это все собрать тсМуксером.
Работаем в только в первой закладке Input.
В Input files добавляем видео и аудио дороги, в опциях аудее дороги можно указать ее язык.
В Output ставим M2TS muxing, и указываем куда будем сохранять готовый файл.
Start muxing
P.S. если у вас в компе больше чем один винт, то можно сделать процесс быстрее, если исходные файлы будут на одном винте, а выходные на другом!